Akashi Eito đã thất bại thảm hại trên tất cả các kỳ thi tuyển sinh trung học nhưng bằng cách nào đó, cậu nhận được một lá thư chấp nhận từ một trường học mà cậu không nhớ xin vào. Cậu vẫn vui vẻ say mê, mong muốn sống cuộc sống trường học lý tưởng, nhưng khát vọng của cậu bị phá hủy nhanh chóng khi cậu phát hiện ra rằng trường học bí ẩn này là một cơ sở đào tạo cho các điệp viên bí mật!